Ο 55χρονος ανέλαβε την τεχνική ηγεσία των Βαυαρών το Νοέμβριο, αντικαθιστώντας τον Νίκο Κόβατς.
Υπό τις οδηγίες του, η Μπάγερν κέρδισε τα 18 από τα 21 παιχνίδια που έδωσε σε όλες τις διοργανώσεις, παραμένοντας αήττητη μέσα στο 2020. Μάλιστα, στο διάστημα αυτό επέστρεψε στην κορυφή της Bundesliga – έχοντας και διαφορά τεσσάρων βαθμών – ενώ είναι με το ένα πόδι στα προημιτελικά του UEFA Champions League, έχοντας κερδίσει 3-0 την Τσέλσι στο Λονδίνο στο πρώτο ματς.
Πρόθεση των διοικούντων το σύλλογο είναι να «δέσουν» για περισσότερα χρόνια τον Φλικ, όπως και τους πρωτοκλασάτους ποδοσφαιριστές, παρά το ότι το συμβόλαιό του ολοκληρώνεται το καλοκαίρι του 2021. Ο ίδιος, ωστόσο, δεν έχει καμία διάθεση για τέτοιου είδους συζητήσεις.
«Υπάρχουν πολύ σημαντικότερα πράγματα από το μέλλον μου, αυτή την στιγμή. Πρέπει να τελειώσει πρώτα αυτή η πρωτόγνωρη κατάσταση που ζούμε με την πανδημία. Προέχει η υγεία. Προσωπικά, πιστεύω πως θα συνεχιστεί η σεζόν. Προτιμώ να σκέφτομαι θετικά» ανέφερε χαρακτηριστικά.